『ボス・ベイビー』での活躍から25年後。ボス・ベイビーこと弟のテッドはエリートビジネスマンとして大成し、兄のティムは2人の娘を持つ専業主夫として幸せな日々を送っていた。そんな中、世界に新たな危機が訪れることを2人は知り、さらにはティムの次女ティナがベイビー社から派遣された「ボス・レディ」であることが判明する。テッドとティムは魔法のおしゃぶり与えられ、再び赤ちゃんとなってティナに協力することになるが、その相手はティムの長女タビサが通う学校の校長だった。家族を巻き込んだ世界の危機にボス・ベイビー達はどう立ち向かうのか。

「ボス・ベイビー ファミリー・ミッション」は、おっさん赤ちゃんことボス・ベイビーが主役のコメディCGアニメの続編です。前作からさらにパワーアップしたボス・ベイビーは、エリートビジネスマンから再び赤ちゃん姿に戻ります。そして、世界を救うためのミッションに挑みます。ハラハラドキドキのストーリーが展開します。