特殊美術造形家・時宮健三が亡くなった。祖父である時宮の仕事にあまり良い思い出がなかった朱莉は複雑な心境でファン向けのお別れ会を訪れていた。そこには特撮ファンである同級生の卓也の姿もあった。朱莉と卓也は時宮の古い知り合いだという穂積と名乗る若い男と出会う。祖父が映画を作ろうとしていたことを初めて知る朱莉。穂積はおもむろに鞄から『神の筆』の小道具である筆を手にする。「世界の破滅を防いでください」穂積のその言葉とともに朱莉と卓也は光に包み込まれた。気づくと二人は映画『神の筆』の世界に入り込んでいた。そして映画に登場しないはずの怪獣ヤマタノオロチがこの世界のすべてを破壊し尽くそうとする光景を目の当たりにする。元の世界に戻るため、二人は時宮が作るはずだった映画『神の筆』の秘密に迫っていくことに……。