行方不明の姉を探すため、進開学園に転入した中学2年生の大成タイセイ。
鉄道好きな彼は、学園で出会った九頭竜リョータ、青梅マイと共に鉄道部での活動を始める。

しかし、平穏な日々は突如終わりを告げる。10年ぶりに未知の敵アンノウンが出現したのだ。

期せずして、タイセイはシンカリオン運転士としての高い適性を持つことが判明。街を守るため、彼は戦うという大きな決断を迫られることになる...。