「君に勇者たる資格があるかどうか、だ――」
『宇宙賢者』を名乗る謎の男「サスカル」が主人公・ユウマに告げたその言葉が、この闘いのすべての始まりだった。ユウマに課せられる想像を超えた究極の試練。「失敗すれば、君はアークとしての力を失う――」
怪獣防災科学調査所「SKIP」のメンバーとして守ってきた星元市の平和、「SKIP」に集う仲間たちと築き上げて来た信頼の絆、たびたび直面して来た怪獣を倒す意義への葛藤…。ウルトラマンに変身する光を手にしたからこそ、ひとり重圧を噛み締めて来たそんな使命たちが、いま、サスカルの手により弄ばれ、次々にユウマに襲い掛かる！
暴れる大怪獣たち、荒ぶる邪悪な宇宙人、時空さえも歪められた超次元の中で、ついにその姿を現す黒いウルトラマンアーク「ギルアーク」。
果たしてユウマは…ウルトラマンアークは、『想像力』を超えて最大の試練に打ち勝ち、未来を守り抜くことができるのだろうか？！