日本の妖怪が次々と反物に変えられ、人間に売り飛ばされる事件が発生。鬼太郎は裏でチーという中国妖怪が糸を引いていることを察知し、中国妖怪たちが日本を支配するために築いた「妖怪城」に仲間とともに乗り込む。しかし、鬼太郎も「妖怪反物」にされ…。

「ゲゲゲの鬼太郎 最強妖怪軍団!日本上陸!!」は、九尾の狐を頭とする中国妖怪軍団が日本に襲来する物語です。鬼太郎たちはこの強大な敵に対抗できるのか、その勝機が描かれます。また、本作は「東映まんがまつり」の一編として上映された第3期TVシリーズの劇場版第3弾で、テレビシリーズで改心して鬼太郎の仲間となった妖怪たちが総出演します。そのため、仲間たちの活躍も見どころの一つとなっています。