野球の名門高校・海堂高校に入学したはずの吾郎だったが、海堂のマニュアル式野球に馴染めず、高校2年で聖秀学院高校に編入する。聖秀学院は、男子生徒が少なく野球部もない高校だった。それで吾郎は、野球部を作ろうと奮闘する。やっと8人の部員が集まり学校に野球部開設を認めてもらった吾郎だったが、顧問の山田先生はいろいろな試練を吾郎たち部員に課す。そして、吾郎が高校3年生になり最後の夏がやってきた。打倒・海堂を掲げてきた吾郎は、海堂高校を倒すことげできるのか。その前に甲子園のインターハイ予選を無事に勝ち抜くことができるのか。

「メジャー 第3シリーズ」は、主人公・吾郎が名門・海堂高校を辞め、野球部のない高校で新たな野球部を立ち上げる物語です。親友の寿也をはじめとした最強ナインが揃った海堂を倒すため、吾郎は転校先で野球部を新設すべく奮闘します。「打倒、海堂！」を目指す吾郎の挑戦と成長を描いた、熱い野球ドラマが展開されます。