宇宙連盟より地球を破滅させるべきかの調査を命令されたW3ことボッコ隊長とブッコ、ノッコの3人。しかし地球で星真一少年と出会ったことで地球人への考えを改めていく。反陽子爆弾を悪人に奪われてしまった3人は、取り戻すために地球での活動を続ける。

「W3(ワンダー・スリー)」は、地球を監視しに来た宇宙人3人と地球人の少年、真一が心を通じていくSFアドベンチャーです。原作漫画のコンセプトを踏襲しつつ、アニメ独自の展開を見せます。ウサギに変身した宇宙人隊長のボッコは、真一に心を惹かれ、物語は彼の大きな決断に向かって進んでいきます。人間と宇宙人の交流を描きつつ、友情や理解、そして愛情の大切さを伝える作品です。