「イナズマジャパン」は円堂率いる雷門イレブンと、かつてのライバル達によって作られたサッカーチームである。世界一に輝くために「フットボールフロンティア・インターナショナル」に参加したイナズマジャパンは闘いの末、ついに世界一の称号を得たのだった。それから10年の月日が経ち――、サッカー名門の学校として、全国中に知られることとなった雷門中学校。サッカーをこよなく愛する少年・松風天馬も雷門中学校への入学を心待ちにしていた。ある日、サッカー部を目指して学校の中を歩く天馬の前に、ボロボロに打ち負かされたサッカー部員の姿が。その相手はサッカー管理組織「フィフスセクター」から来た剣城京介という人物であった。

「イナズマイレブンGO」は、伝説のサッカーチーム「イナズマジャパン」の活躍から10年後の世界を描いた作品です。前作の主人公、円堂守やその仲間たちが監督や顧問として登場し、新たな戦いの幕が開けます。イナズマイレブンの新シリーズ「GO」3部作の第1期で、世界設定は前作から引き継がれています。新たな世代のサッカープレイヤーたちが、前作の英雄たちの遺志を継ぎ、新たな伝説を築き上げる物語が展開されます。