あるべき世界に無事戻っていた天馬は少年サッカー世界大会の代表メンバーに選ばれる。代表監督の黒岩監督から発表された新生イナズマジャパンのメンバーは剣城、神童が選ばれるも、その他のメンバーはサッカー経験ゼロの初心者たちばかりだった…。

「イナズマイレブンGO ギャラクシー」は、新たなチームメイトがサッカー初心者という驚きの設定から始まります。主人公の天馬たちは、これまでの経験を活かし、初心者たちと一緒に世界大会で戦うことになります。彼らの葛藤や成長を描くとともに、過去のシリーズからのキャラクターも登場します。これは「GO」シリーズの集大成である第3期で、超次元サッカーアニメの最高峰とも言える作品です。