前作の激しい戦いを後えた天馬はサッカーを子供たちに教えるために沖縄にいた。しかし沖縄から帰った天馬は、「サッカー部がこの学校にはなかった」という衝撃の事態に直面する。そこに謎の少年が現れ、「お前からサッカーを消去する」と宣言するのだが…。

「イナズマイレブンGO クロノ・ストーン」は、「GO」シリーズの第2期作品で、時空を操る敵との戦いが描かれます。主人公たちは、あるべき歴史を取り戻すため、歴史上の人物たちを巻き込んだ超展開のサッカー勝負に挑みます。さらに、「IF」の世界でかつての仲間の姿を垣間見ることもあり、その姿は視聴者に深い感動を与えます。この作品は、サッカーと時空を超えた冒険を組み合わせた、新たな展開を見せるアニメです。