似て非なる歴史をたどる過去の世界に転生した山本五十六は、過ちを繰り返さないため同志を募り、クーデターを画策。さらに秘密裏に編成した潜水艦艦隊を使い、必死の努力を続けるが歴史の動きを止めることは難しく、世界大戦はすぐそこに迫っていた…。

「紺碧の艦隊」は、荒巻義雄の架空戦記をアニメ化した作品です。物語は、主要人物たちが過去のパラレルワールドへ転生し、未来技術による新兵器を駆使するところから始まります。彼らが率いる無敵の潜水艦隊が出撃し、その迫力あるバトルシーンが展開されます。新兵器の数々とそれを駆る人々の戦いを描きつつ、戦争の真実と人間の生き様を問いかける作品です。