世界で唯一のLBXプレイヤー養成機関「神威大門統合学園」に転入した瀬名アラタは、同じ転入生の星原ヒカルと出会う。そこで彼らを待っていたのは、巨大ジオラマで行われる世界戦争シミュレーション「ウォータイム」という学園独自のバトルだった。

「ダンボール戦機ウォーズ」は、「ダンボール戦機」の3期シリーズで、設定と主人公が一新された作品です。物語は、巨大な箱庭で行われるLBX（リトルバトラーズエクスペリエンス）による世界戦争シミュレーションバトルから始まります。新たな主人公、瀬戸アラタを中心に、彼らは小隊を組み、戦略性が増した戦いを展開します。これまでのシリーズとは一味違った、緊張感あふれるバトルが繰り広げられます。