伊賀の里の修行を積んだ少年忍者・ハットリくんが、ある日修行の場を東京に移すことに。ひょんなことから三葉家に居候することになったハットリくんは、三葉家の息子・ケン一とその友達や、ライバルの甲賀忍者・ケムマキたちとさまざまな事件に巻きこまれる。

「忍者ハットリくん」は、少年忍者ハットリくんとケン一少年が繰り広げるドタバタ忍者コメディです。伊賀忍者と甲賀忍者、そしてケン一のクラスメイトなど、個性豊かなキャラクターたちがコミカルな日常を織り成します。ハットリくんが見せるさまざまな忍術には、視聴者も思わず憧れてしまうでしょう。この作品は、笑いと驚きの連続で、視聴者を飽きさせません。