F県F市の地下。世界征服の第一歩として市街征服を企む秘密結社アクロスに2人の美少女構成員、エクセルとハイアットがいた。安アパートに暮らす彼女たちは貧困生活にあえぎながらも、総帥イルパラッツォのもとで小さな小さな市街征服の任務をこなす！

「へっぽこ実験アニメーション エクセル・サーガ」は、世界征服を目指す秘密結社に所属する美少女が主人公のSFコメディ作品です。彼女はトラブルメーカーで、その行動は常にドタバタとしたギャグに満ちています。物語は彼女の暴走と、エスカレートするギャグやパロディが織り成す、まさに「実験」の名のもとに展開されます。何でもありのこのアニメは、視聴者を笑いの渦に巻き込みます。