30世紀の未来、イルミダス星人との戦争に破れ占領下にあった地球で2人の男が出会う。血に導かれるように、千年前の先祖たち同様の友情を結び、自由のために立ち上がる。そんな時、彼らそれぞれの想い人が捕らえられ、公開処刑されるという事態が勃発する。

「わが青春のアルカディア」は、宇宙海賊の旅立ちを描いたSFアドベンチャーです。松本零士の作品に登場する人気キャラクターが総登場し、物語は主人公・ハーロックと親友トチローの出会いから始まります。彼らが地球から旅立つ様子や、彼らの先祖の関係も描かれています。ドクロの旗をなびかせて宇宙の海へと進む彼らの冒険が、視聴者に深い感動を与えます。