先導アイチたちがVFアジアサーキットを制覇した数か月後。カツミやユウタたちとは別の高校・宮地学園高等部へ進学したアイチは、学校生活を充実させるべく、学園にヴァンガードをするための部活・カードファイト部を立ちあげるために奮闘する。

「カードファイト!! ヴァンガード リンクジョーカー編」は、主人公アイチの高校生活が始まる物語です。シリーズ第3期となる本作では、アイチが新たにカードファイト部を立ち上げ、個性豊かな新たな仲間たちと共にカードバトルを繰り広げます。新たな仲間たちの登場は本作の新たな魅力を生み出し、カードの充実による戦略の幅の広がりも見どころの一つです。高校生活という新たなステージで、アイチたちはどのようなカードファイトを展開するのか、その成長と友情の物語に注目です。