ヒットがまったく打てずに少年野球チーム・バトラーズをクビになった三太郎は、どんな球でもホームランにする妖怪バットをねずみ男から譲り受ける。妖怪バットの力を得たバトラーズは連勝を重ねるが、このバットには使う者の魂を吸い取る力が秘められていた。

「ゲゲゲの鬼太郎 おばけナイター」は、恐ろしい妖怪バットを巡り、鬼太郎が率いる妖怪チームと少年野球チームが激しく対決する物語です。1997年春の東映アニメフェアで上映された劇場版作品で、『ゲゲゲの鬼太郎』劇場版の中でも異色の存在となっています。敵妖怪との戦いが主軸となることが多い同シリーズですが、この作品では明確な敵が登場せず、妖怪と人間の交流を描いた新鮮なストーリーが展開されます。