ふがいない部下に業を煮やしたベガ大王は、グレンダイザー打倒のために親衛隊長のバレンドスを派遣する。バレンドスは拉致した兜甲児からグレートマジンガーの所在を探り出し、この機体を強奪。円盤獣とグレートマジンガーを使い、グレンダイザーを狙う！

「UFOロボ グレンダイザー対グレートマジンガー」は、「マジンガー」シリーズの劇場版第5弾で、グレンダイザーが銀幕デビューを果たした作品です。二大スーパーロボット、グレンダイザーとグレートマジンガーがまさかの激突を繰り広げます。これまで実現することのなかった正義のスーパーロボット同士の直接対決が描かれており、その中でグレンダイザーは兜甲児を救うことができるのかという緊張感あふれるストーリーが展開します。