ある日、プロレスラーを目指す甲斐渚の前にイクセリオンが現れ、地球を狙う機械生命体の侵略者と戦えと告げられる。混乱しながらも、襲いかかってきた敵を反射的にプロレス技で倒してしまった渚は、怯えながらも侵略者との戦いに挑んでいく。

「戦-少女イクセリオン」は、女子プロレスラーを目指す少女が主人公の美少女格闘アニメです。彼女は地球を救うための戦いに巻き込まれていきます。また、この作品はSFアクションでもあり、少女が宇宙生命体と戦う姿が描かれています。平野俊弘監督が手がけた「イクサー」シリーズの続編でありながら、世界観は一新されており、過去作を知らない人でも楽しむことができます。