25年前、巨大生物・ドラゴンが出現し、世界を蹂躙する。その一方で人間側にもドラゴンと同様の力を持つ者「D」が出現。その中の１人で世界で唯一の男の「D」、物部悠はミッドガルへ送られ、悠は「D」の少女たちと学園生活を送ることになり…。

「銃皇無尽のファフニール」は、特殊な能力を持った少女と少年が主役のバトルファンタジーです。彼らは世界を脅かすドラゴンに挑みます。物語は離島の学園を舞台に展開し、主人公の少年以外の生徒は全て個性豊かな美少女たちです。竜に見初められた彼女たちは、アンリミテッド学園バトルアクションを繰り広げます。この作品は、少年と少女たちの勇敢な戦いと成長、そして彼らの間に芽生える友情や恋愛を描いています。