原因不明の発作に襲われるピノコ。時を同じくしてピノコと縁のある女性の手術依頼が舞い込む（「おとずれた思い出」）。某独裁国家に拉致され国家主席の治療を強要されたBJは、時代の大きな動きに巻き込まれる（「美しき報復者」）。

「ブラック・ジャック FINAL」は、孤高の天才外科医ブラック・ジャックが不可能に挑む物語の完結編です。手塚治虫が生み出したこの天才医師のキャラクターは、出崎統と杉野昭夫の黄金コンビによってアニメ化されました。シリーズは一度中断されましたが、11年ぶりに本作が制作され、出崎統の事実上の遺作となりました。彼の描くブラック・ジャックの世界観と医療への挑戦は、視聴者に深い感銘を与えます。