かつての激戦が神話となって1万2千年後。「異次元」から襲来するアブダクターに人々はおびえていた。これに対抗する合体兵器「アクエリア」もエレメント候補生も男女間の恋愛や合体は禁止されていた。

「アクエリオンEVOL」は、1万年と2千年が過ぎた未来を舞台にした物語です。神話の終わりを予感させる「禁じられた合体」が再び呼び覚まされます。物語の中心には、アマタとミコノという二人の若者がいます。彼らの出逢いが、世界の運命を大きく変えていきます。これまでの常識やルールが覆され、新たな可能性が開かれる中で、彼らは何を感じ、何を選び取るのでしょうか。その答えを描くのがこの作品です。