女神アテナと冥王ハーデスとの戦いから二百数十年。そのハーデスが復活した。時を同じくして聖闘士の本拠地・聖域で異変がおきる。ハーデスの配下がアテナの命を狙い襲いかかってきたのだ。しかも、それは星矢たちと戦い死んだはずの黄金聖闘士たちだった！

「聖闘士星矢 冥王ハーデス十二宮編」は、聖闘士たちの最後の戦いを描いたバトルファンタジーの最終章です。TVシリーズ終了後、映像化されなかった原作の最終章をOVA化しました。物語は、冥王ハーデスとの戦いが繰り広げられます。かつて星矢たちが死闘を繰り広げた十二宮で、黄金聖闘士たちが敵味方に分かれて激突します。これは、聖闘士たちの運命を決定づける壮絶な戦いの幕開けです。