岡部がシュタインズ・ゲートにたどり着いて1年が経過していた。その世界では、タイムマシーンやDメールもなく、平和な世界だったため岡部は安心していた。 海外から帰ってきた牧瀬紅莉栖は発明サークルである未来ガシェット研究所でバーベキューをすることに。紅莉栖が帰ってくるからと岡部が企画したものだった。岡部と紅莉栖は互いに好意を寄せながらも、素直になれずにいた。さらに岡部は、平和な世界にいるにも関わらず、脳裏に不吉な映像がよぎることが続いていて…？！ 思い合う岡部と紅莉栖の前に新たな世界線が立ちはだかる。果たして二人の運命は…？！

「劇場版 STEINS;GATE負荷領域のデジャヴ」は、時間を超えて到達したトゥルーエンドの続きを描いた作品です。TVシリーズ後の「誰も見たことのない結末」を追求します。過去へ送信できるメールを発明した大学生・岡部が未来を変えるために奮闘するSF作品の続編で、今回は主人公・岡部を救うべく奔走するヒロイン・紅莉栖の視点が描かれます。視聴者は紅莉栖の感情に深く感情移入させられるでしょう。