「フットボールフロンティア」で優勝した雷門中イレブン。しかし突如「エイリア学園」と名乗る宇宙人たちが現れ校舎を破壊。サッカーによる世界征服を公言する。強力な力を持つ彼らに対抗するため、円堂たちは日本中をまわり最強チームを作る旅に出る。

「イナズマイレブン 脅威の侵略者編」は、雷門中イレブンが優勝を果たした直後から始まる新シリーズです。今度の相手は宇宙人という未知の強者たち。日本中から集めた選手たちと共に、侵略者から世界を救うための戦いが繰り広げられます。前作とは異なり、原作ゲームの発売よりも先にアニメの放映が始まっており、新たな展開が描かれています。