宇宙世紀0093年。シャア・アズナブルは新生ネオ・ジオン軍を率い、自らが総帥となって地球連邦政府対して再び戦いを挑んで来た。シャアは地球の重力に縛られ自己中心的な支配を続ける人類を粛正するために、地上に隕石を落下させることで地球を居住不能な星にするための作戦を展開。その暴挙を阻止するためにブライトやアムロが所属する地球連邦軍のロンド・ベル隊が出撃するも、小惑星５thルナの落下を止めることはできなかった。シャアは次の作戦に向け、かつてのネオ・ジオンの本拠地であったアクシズの奪還とルナツーに貯蔵された核ミサイルの奪取を目論む。そして、作戦遂行に向けた見せかけの和平交渉のために、地球連邦政府との交渉の場となるサイド１のコロニー、ロンデニオンへと向かうのだった。一方アムロも、自身が開発に参加したνガンダムをアナハイムの工場で受け取り、その後和平交渉が行われるロンデニオンに到着していた。ロンデニオンで連邦政府参事官の娘クェスと、ブライトの息子であるハサウェイに出会ったアムロは、コロニー内での休養中に、偶然にも和平交渉を終えたシャアと遭遇してしまう。そして、シャアの言葉に動かされたクェスは、彼と共にアムロのもとを去っていくのだった。シャアは、ロンデニオンで連邦政府と交わした和平交渉を利用し、武装解除に見せかけたルナツーへの攻撃と、アクシズを強奪する作戦を実行。ネオ・ジオン艦隊は、ルナツーへ壊滅的な打撃を与え核兵器の奪取に成功し、さらにシャア自身もアクシズを守る部隊を殲滅。目的どおり、核兵器とアクシズを手中に収めた。第２の隕石としてアクシズを地球へ落とそうとするシャア。それを阻止すべく行動を開始するアムロとブライトが率いるロンド・ベル隊。地球の命運をかけて、二人のニュータイプ同士による最後の戦いが幕を開ける！