地球侵略を企むケロン星のケロロ軍曹は、日向冬樹と日向夏美の日向姉弟に捕まり、そのまま日向家に居候することに。しかし肝心のケロロ軍曹は家事や趣味のガンプラ作りに追われ、侵略は一向に進まない。果たしてケロロ軍曹の地球侵略が叶うときは来るのか…。

「ケロロ軍曹 2ndシーズン」は、カエル型異星人のケロロ小隊が地球侵略を試みるハイテンションSFコメディの第2期です。原作は同名の漫画で、地球侵略を目指すケロロ小隊のメンバー全員が集結します。彼らの間違いだらけの侵略計画を描きつつ、ギャグやパロディが散りばめられたエピソードが展開されます。第2期では、これらの要素にさらなる磨きがかかり、視聴者を楽しませます。