地球圏統一国家樹立によりコロニーが平和を取り戻してから1年。完全平和主義を掲げるリリーナ・ドーリアンは、トレーズの娘を名乗るマリーメイアを元首とするマリーメイア軍に誘拐されてしまう。ヒイロたちはリリーナを取り返し世界に平和を取り戻せるのか。

「新機動戦記ガンダムW Endless Waltz」は、「新機動戦記ガンダムW」の後日譚として描かれています。物語は、謎の武装勢力の出現から始まります。その中には、ガンダムパイロットの1人である五飛が含まれています。この状況に直面し、残りの少年たちも再びガンダムに乗り、戦うことを決意します。美少年たちが活躍するこの作品は、人間が戦争から逃れられない現実を描きつつ、彼らの成長と戦いを通じて、視聴者に深いメッセージを伝えます。