御坂美琴は「学園都市」で最高レベルの特殊超能力を持つ1人だが、その能力以外はいたって普通の女子中学生だ。しかし美琴は「幻想御手事件」で活躍したため「学園都市」で一躍有名になってしまっていた。有名人としての悩みなのか、美琴はどこからともなく「視線」を感じるようになる。これがなんなの分からない美琴は、その「視線」に悩むようになる。これは、あの都市伝説の仕業なのかどうか。「視線」に気づいて振り向くが、そこには誰もいない。その様子を見ていた友人の黒子は美琴を監視することにした。そして美琴自身もその「視線」の調査を始めた。

「とある科学の超電磁砲 OVA」は、TVシリーズ第1期の後日談として展開されます。主人公・御坂美琴が狙われるという最大のピンチを描きつつ、美琴と仲間たちの友情を中心に物語が進行します。全体的にはシリアスな展開で、サスペンス色も加わり、TV本編とは異なる雰囲気を醸し出しています。美琴の危機と友情の絆が交錯する、スリリングな展開が視聴者を引きつけます。