女性にしか扱えない飛行パワードスーツIS。そのIS操縦者を育成するため、世界各国より集められた代表候補生の少女たちが通う女子校「IS学園」。織斑一夏は男でありながら何故かISの起動が出来てしまったためにIS学園へ強制入学させられてしまう。

「IS<インフィニット・ストラトス>2」は、メカと美少女が織りなすハイスピード学園バトルラブコメディです。突如として襲い来る敵と、IS（インフィニット・ストラトス）に秘められた謎、そして主人公・一夏を巡る少女たちの恋愛模様が描かれます。一夏と少女たちが織り成す学園生活と戦闘シーン、そして恋愛模様が絶妙に絡み合い、視聴者を引き込むストーリー展開となっています。