ケロロにそっくりな石像を手に入れた冬樹は像の謎を解き明かすべく、ケロロと共にイースター島へ旅立つことに。2人が不思議な双子・イオとラナに島を案内されている中、永い眠りから蘇る邪霊「アクアク」。ケロロ小隊最大の戦いの火蓋が切って落とされる…。

「超劇場版ケロロ軍曹 誕生!究極ケロロ 奇跡の時空島であります!!」は、SFコメディの劇場版第5弾で、シリーズ最凶の敵がイースター島に現れます。物語は、ケロロに瓜二つの石像がイースター島への旅のきっかけとなり、その秘密が終盤で明かされるという展開になっています。また、ケロロと冬樹の絆も描かれており、その深化が見どころの一つです。ユーモラスながらも、友情や絆を描いた本作は、視聴者に鳥肌が立つような感動を与えます。