買い物からの帰り道、不思議なほこらの中にあった壷を割ってしまったケロロ。その影響で、翌日から街に異変が起き始める。壷に封印されていたケロン星の古代最終兵器・キルルが目覚めたことを知ったケロロ小隊。彼らは地球を守るため、最強の敵に立ち向かう！

「超劇場版ケロロ軍曹」は、ケロロ軍曹の劇場版第1弾で、SFコメディとして描かれています。物語は、太古の超兵器が覚醒し、地球（ペコポン）を守るためにケロロが立ち上がるという展開です。テレビシリーズと同様に、ネタに偏ったパロディが盛り込まれており、観る者を爆笑させます。一方で、テーマにはテレパシーが採用され、その深遠なテーマが観る者を考えさせます。シリアスとコメディのメリハリが心地よく、観る者を引き込む作品です。