北海道に住む高校生、ちせとシュウジは付き合い始めたばかり。そんなある日、札幌が空襲を受けてしまう。仲間も犠牲になり不穏な空気が漂う中、シュウジは羽と武器を纏って戦う、ちせの姿を見かける。なんとちせは自衛隊により兵器に改造されてしまったのだ！

「最終兵器彼女」は、高橋しんの人気漫画をアニメ化した作品で、SFラブストーリーとなっています。物語は、突如として自衛隊により兵器に改造されてしまった女子高校生と、彼女の変貌に戸惑いつつも彼女を愛し続ける少年の切ない恋愛を描いています。この作品は、可愛い女子高生が最終兵器となるという衝撃的な設定と、その中で織りなす一番最後のラブストーリーが魅力となっています。