マーティアルを追放されたテイタニアは、教団の追撃を受けながらもキリコの行方を掴む。一方、キリコは仲間たちの住まう砂漠の交易都市・グルフェーを目指していた。しかし、街は利権を狙うメルキア軍が包囲する緊張状態にあり…。

「装甲騎兵ボトムズ 孤影再び」は、新世代ボトムズシリーズの第3弾で、「赫奕たる異端」と「幻影篇」の間の空白期間を描いています。この期間に隠された驚愕のエピソードが展開され、懐かしいキャラクターたちも登場します。主人公キリコは彼らのために再び立ち上がります。特に、「赫奕たる異端」で敵対したテイタニアの健気さには感動させられます。この作品は、ボトムズシリーズの新たな一面を描き出しています。