「疑探偵TRAP」で「週刊少年ジャック」の連載が決まった最高と秋人。うれしい気持ちと同時に人気アンケートというプレッシャーが彼らを襲う。もし人気投票でランキングが悪ければ連載は打ち切りになるのだ。また、新しい担当の港浦吾郎は自分の好みをどんどんと押し付けるタイプで、2人は自分たちが思うようなストーリーを書けずにいた。2人はなんとかランキングの順位を上げるものの、最高が過労で入院することになってしまう。編集長から休載を告げられてしまうのだが、福田組の後押しがありなんとか短期間で休載は終えることができる。しかし最高と秋人をさらなる試練が襲う。

「バクマン。第2シリーズ」は、プロ漫画家・亜城木夢叶の連載デビューを描いた作品です。舞台は『週刊少年ジャック』という憧れの雑誌。主人公の真城最高と高木秋人は、天才・新妻エイジを始めとするライバルたちとの競争や励まし合いを通じて、人気マンガ家としての実力を育んでいきます。しかし、彼らを新たな試練が襲います。このシリーズでは、彼らがどのように試練を乗り越え、成長していくのかが描かれています。