大学に入学し、新生活をスタートした祐太。そんな矢先、姉夫婦の乗っていた飛行機が行方不明となり、残された3人のめいっ子を引き取ることに。4人で住むには狭いアパートで問題が起きることも多いが、楽しく、騒がしい生活を送り、絆を深めていく。

「パパのいうことを聞きなさい!」は、大学生の主人公が3人のめいっ子と狭いアパートで同居することから始まるアットホームラブコメディです。騒がしくも心温まる同居生活が描かれ、萌え的展開だけでなく、友達や近所、そして家族との関係が丁寧に描かれるハートフルな物語です。主人公と3人の娘たちの日常を通じて、家族の絆や人間関係の大切さを描いています。