遥、真琴、渚、怜の岩鳶高校水泳部は昨年の地方大会を経て進級した。しかし、４月が始まった時点ではなかなか新入部員の勧誘が進まず、部員確保のために様々な案を試してく。一方、凛は鮫柄学園水泳部の部長になり、そこへ転校してきた凛の幼馴染である山崎宗介が入部してくる。そんな中、再び地方大会が行われる時期になり、２つの水泳部はリレーで進出できたが、水泳を楽しんでいたはずの遥は大きな壁にぶつかってしまう。そして、真琴や宗介も悩みや葛藤を抱えながら水泳に挑んでいた。遥達が選ぶ道はそれぞれどうなっていくのか？

「Free! -Eternal Summer-」は、水泳に情熱を注ぐ男子高校生たちの青春ストーリーの第2弾です。物語は、凛の旧友である山崎宗介の登場により、鮫柄学園側のストーリーも展開します。彼らの肉体美は健在ながら、水泳への熱意と将来への不安が交錯する、まさに高校生らしい青春模様が描かれています。視覚的な魅力と共に、彼らの内面的な葛藤も楽しむことができる作品です。