迷宮サガンを無事に攻略したアラジンとアリババは、それぞれ別々の道を歩みはじめていた。アラジンはマグノシュタット魔法学院に入学し、さらなる魔法の道を極めていた。そして、天才魔導士のティトスたちと親しくなる。ある日、学園の地下から魔力が吸い上げられていることを知り、学長モガメットに報告しに行くが、相手にしてもらえず学長に違和感を感じる。そしてマグノシュタットとレーム帝国、煌帝国それぞれに決戦の火花が散り、アラジンとティトスたちはその戦いに巻き込まれていく。

「マギ 第2期」は、世界の命運をかけた新たな冒険譚です。主人公アラジンはマグノシュタットで魔法を学び、アリババはレームの剣闘士となります。一方、モルジアナは暗黒大陸を回り、白龍は煌帝国に帰還します。それぞれが選んだ道で成長し、試練を乗り越えていく様子が描かれます。少年たちの冒険の行方はどうなるのか、その結末に注目です。