青い海の広がる千葉県・鴨川市。明るさと行動力が自慢の京乃まどかは、鴨川女子高校・ジャージ部のたったひとりの部員として、今日も人助けに奔走する。しかし、ランと名のる不思議な美少女から「ロボットに乗れる？」と頼まれて…。

「輪廻のラグランジェ」は、鴨川市に住む普通の高校生、キョウノマドカが主人公の物語です。彼女はある日、謎のロボット「ウォクス」に選ばれ、宇宙の戦争に巻き込まれます。そこで出会った二人の少女、ランとミューズと共に、彼女たちは数々の謎に立ち向かいながら、愛する故郷を守るために戦います。ヘコむのも、笑うのも、全ては彼女たち三人が一緒だからこそ。彼女たちの絆と勇気が試される中、まどか達はウォクスで大空へ飛び立ち、未知の冒険へと挑みます。