ある日、ケータが寝ている間に妖怪ウォッチが突然光を放ち腕から消えてしまった…。さくらニュータウンに出現した超巨大猫妖怪デカニャンの依頼で、ケータは消えた妖怪ウォッチの手がかりを探しに祖母の家があるケマモト村に向かう。そこでケータとウイスパー、ジバニャン、フユニャンは60年前にタイムスリップする。そこでは人間を嫌う妖怪ウバウネが人間と妖怪をいがみ合わせ、仲を壊そうとする計画が進んでいた。ケータたちは協力してウバウネを倒そうとするが、妖怪ウォッチ零式を作ったケイゾウは頑固で単独行動をしようとする。そして妖怪ウォッチを作るのもやめてしい、ウバウネが優勢になってしまい…。

「映画 妖怪ウォッチ 誕生の秘密だニャン!」は、あらゆるジャンルで人気を博している「妖怪ウォッチ」の誕生秘話を描いた作品です。主人公と妖怪たちの運命的な出会いから始まり、友情と冒険を通じて「妖怪ウォッチ」が生まれるまでの物語が展開します。何があっても友達を守るという強い絆が描かれ、映画館で大暴れする妖怪たちの活躍も見どころの一つです。今まで明かされなかった「妖怪ウォッチ」の誕生の秘密がついに明らかになります。