ある時シエルの元に女王からの手紙が届く。その内容は英国内の子供たちが失踪しているというもの。しかも皆が真夜中に忽然といなくなり姿を消してしまう。その失踪事件が起きるのは決まって、あるサーカス団が立ち寄った街だった。そのサーカス団の名前は「ノアの方舟サーカス」。シエルと執事のセバスチャンは「女王の番犬」としてこの不可解な失踪事件を解決するべく動き出す。さっそく二人はサーカス団の調査のため潜入捜査を始める。入団テストに合格し無事にサーカス団の一員になるものの、激しい動きで喘息がぶり返してしまうシエル。だが潜入のおかげで分かったことがあり…。

「黒執事 Book of Circus」は、ミステリアスな執事セバスチャンと美貌の少年貴族シエルが主人公のダークファンタジーです。物語は、原作でも支持の高い「サーカス編」をアニメ化したもので、二人がサーカスの謎に迫る様子を描いています。個性豊かなサーカス団員の中でも、特に道化師のジョーカーと蛇使いのスネーク、そしてどこか寂しげな美青年2人が物語の中心に立ち、視聴者の注目を集めます。