西暦2145年。アルヴィスはフェストゥムの探知から逃れるため、竜宮島の一部を切り離して囮とする「L計画」を実行することに決める。将陵僚は体が弱い14歳の生徒会長だったが、L計画のチームに入るために学校を卒業する。僚が想いを寄せる女の子・生駒裕未も父が亡くなった後に手に入れたL計画の計画書によって。島の真実を知り、L計画に参加する。一方、総士は一騎から負わされた傷からファフナーではなくジークフリード・システムの搭乗を命じられる。同化現象によって精神的にも疲弊していく僚。そしてL計画の最終日がやって来る。