西暦2148年。平和が訪れた竜宮島で真壁一騎は、いつか竜宮島に戻ると約束をした皆城総士と再び会えることを願っていた。祭りの夜、1隻の船が竜宮島へやって来る。1人の少年が中で眠りについており、それと同時にフェストゥムが襲来するが、一騎はこれを撃退することに成功する。眠っていた少年の名は来主操といい、ミールの元で活動する新たなフェストゥムだった。一騎は操と対話を試みるが、その間にも島は侵食されていく。ミールに逆らうことができない操は対話をやめ、封印されていたマークニヒトのパイロットになり、一騎と交戦する。

「蒼穹のファフナー HEAVEN AND EARTH」は、平和となったはずの島に打ち揚げられた艦が少年たちの運命を変える、人気SFの初劇場作です。TVシリーズの2年後を舞台に、劇場版ならではの高品質なメカアクションが描かれており、その迫力は圧巻です。また、この映画の内容が第2期「EXODUS」に繋がるため、ファンにとっては必見の作品となっています。