桐皇学園との試合に、土壇場で勝利した誠凛高校は、みごとウインターカップ準決勝進出を決めたのだった。誠凛高校がここまで快挙を成し遂げたのは未だかつてないことだったので、この準決勝進出ですっかり注目のチームとなっていた。誠凛が次に対戦するのは海常高校だった。試合中にも相手のプレーを盗んで成長してゆく選手たち。そんな中、黒子はチームに中学でのバスケ部の思い出を語る。「キセキの世代」の知られざる過去を聞いて、意識を奮い起こす誠凛部員たちだった。

「黒子のバスケ 第3期」は、誠凛高校バスケットボール部が全国制覇を目指す物語です。悲願の全国制覇まであと2戦と迫った中、主人公の黒子と火神の前に、「キセキの世代」の一人であり、絶対王者・洛山高校を率いる赤司が立ちはだかります。これまで「キセキの世代」を次々と撃破し、ウインターカップベスト4に駒を進めた誠凛高校ですが、赤司と洛山高校は異次元の強さを見せつけます。果たして誠凛高校は全国制覇を達成できるのか、その結末に注目が集まる人気シリーズの完結編です。