ある日、ばいきんまんは、お絵描きが上手なベレちゃんにアンパンマンをやっつける様子を描くようにお願い。ところが不思議な筆で描いた「バイキンマン」が絵の外に出て大暴れ。ばいきんまんVSバイキンマンのおかしな対決は、いつまで続くのか…。

「それいけ!アンパンマン ばいきんまんVSバイキンマン!?」は、アンパンマン劇場版の第21弾「だだんだんとふたごの星」の同時上映作品です。物語は、ばいきんまんが絵から生まれたバイキンマンと対決するという、ユーモラスでスリリングな展開を描いています。能力も性格もそっくりな二人の対決は、観る者を楽しくもドキドキさせます。果たして、ばいきんまんとバイキンマンの決着はどうなるのでしょうか。子供から大人まで楽しめる、アンパンマンシリーズの魅力が詰まった作品です。