西暦2027年9月、近未来。清雅学園に通う2年生・橘イツキは、生徒会長の泉澄リナに突然呼び出され、2学期から空席となった生徒会副会長に任命される。同時に言い渡されたのは、大人気オンラインゲーム「PSO2」をプレイし、あるレポートを提出することだった。

「ファンタシースターオンライン2 ジ アニメーション」は、生徒会副会長の初仕事がオンラインゲームをプレイすることから始まる物語です。現実の世界とオンラインゲームの世界、両方を描きます。現実世界のキャラクターがゲーム内でどのようなキャラクターになっているのか、オンラインゲームならではのユーモラスなネタに注目です。現実とゲームの世界が交錯する中で、キャラクターたちが成長し、友情や困難を乗り越えていく様子を描いています。