ガンプラバトルが大流行している近未来。そのガンプラバトルを主宰するヤジマ商事の新型バトルシステムのテストのため、南の島のニールセンラボに招待されたチーム・トライファイターズ。しかし、新型システムの不具合により宿泊施設で待機する事に…。

「ガンダムビルドファイターズトライ アイランド・ウォーズ」は、南の島で開催されるガンプラバトル特別編の物語です。主人公たちトライファイターズは、謎の機体の出現に直面します。さらに、怪事件と謎の少女の登場により、物語は混乱へと向かいます。しかし、ライバルたちとの団結により、彼らは暴走する謎の機体に立ち向かう決意をします。ガンダムのプラモデル「ガンプラ」で戦うガンプラバトルを舞台に、青春を駆け抜ける彼らの挑戦が描かれています。