人工知能の話題にも全く無縁な中学生・新海ハルは、いつもと変わらない毎日を送っている。自分は主人公キャラじゃないと考えているハルのスマホから、突然変なモンスター・ガッチモンが飛び出した。ガッチモンはネットの中のある存在から逃げてリアル世界にやってきたらしい。しばらくするとハルの周りでは別のモンスター「アプモン」の仕業で病な現象が起き始めた。ハルは「自分が主人公になろう！」と決意しガッチモンとリアルとネットの世界を救うためアプモン活動を始動！しかし実はアプモンとバディを組んでいるのはハルたち以外にもいたのだった？！

「デジモンユニバース アプリモンスターズ」は、新感覚のバディストーリーで、凸凹コンビがネットと現実を駆け巡ります。デジモンシリーズの最新作で、今回のキーは「スマホアプリ」です。アプリに潜むアプリモンスター「アプモン」とともに、人間世界の支配を企む人工知能と戦います。キッズたちに大人気のデジモンが、スマホアプリという新たな視点から描かれ、現代のテクノロジーとリンクした物語が展開されます。