ニャースが留守番を任されたロケット団のひみつ基地。森で遊んでいたピカチュウたちは偶然このひみつ基地を発見し、捕らわれのささやきポケモンゴニョニョを助け出そうとする。ところがひょんなことから「モンスターダンシングボール」が動き出し…。

「劇場版ポケットモンスター/おどるポケモンひみつ基地」は、人気のポケモン、ピカチュウやニャースたちが主役のダンシング・コメディ作品です。物語は、怪しげな仕掛けが盛りだくさんのロケット団のひみつ基地を舞台に展開します。かわいくてゆかいなポケモンたちが歌い、踊りながら、観る者を楽しませます。これは「劇場版ポケットモンスター」の短編シリーズの第6弾で、ポケモンたちの新たな一面を描いています。