いつものように平穏な日常が流れていたさくらニュータウンに、突然空飛ぶ巨大クジラが出現！まわりが戸惑う中クジラが「ホゲェー」と鳴き声を上げると、その衝撃波によって通常では考えられないことが！？アニメ世界がリアルな実写世界に変化し、ケータはリアルな人間になってしまった！実写世界ではフミちゃんの可愛さに魅せられたり、毛穴というものが見えたことからこの世界を「毛穴世界」と呼ぶようになる。ケータと仲間たちはなぜこんな事になったのかその原因を探り、妖怪・コアラニャンと謎の少女・南海カナミと出会う。突然現れた空飛ぶクジラの正体とは一体？！

「映画 妖怪ウォッチ 空飛ぶクジラとダブル世界の大冒険だニャン!」は、妖怪ウォッチ映画シリーズの第3弾で、ジバニャンたちが実写の世界へ飛び出すという新たな挑戦が描かれています。人気キャラクターたちが実写とアニメの世界を行き来するという新しい試みに挑戦した作品で、遠藤憲一が演じるじんめん犬をはじめ、実写化したキャラクターが見どころとなっています。アニメと実写の融合により、新たな世界観が広がります。